Diawali dengan sebuah keinginan untuk memberikan penghargaan kepada penyandang cacat (penca) ABRI/Veteran, beberapa tokoh Veteran membuat sebuah gagasan membangun suatu fasilitas rehabilitasi bagi penca dalam bentuk Rumah Sakit Veteran.

Gagasan itu dihimpun dan dituangkan dalam bentuk naskah tertulis sebagai Naskah Proyek Rehabilitation Center (RC) ABRI/Veteran berupa rencana membangun R.C. ABRI/Veteran secara lengkap (full fledged rehabilitation) di Bintaro, Jakarta Selatan. Pada tahun yang sama dikeluarkan Surat Keputusan Menhankam/Pangab Nomor Kep/A/273/1968 tanggal 6 Juli 1968 tentang pelimpahan wewenang wadah penyelenggaraan rehabilitasi cacat bagi Penyandang Cacat Prajurit ABRI/Veteran tersebut dari Departemen Transmigrasi dan Veteran ke Departemen Pertahanan dan Keamanan. Sejak itulah secara resmi mulai diselenggarakan Proyek R.C. ABRI/Veteran yang merupakan cikal bakal adanya Pusat Rehabilitasi (Pusrehab) Kemhan seperti yang ada sekarang ini (sebelumnya: Pusrehabcat Dephan).

Pusrehab Kemhan mempunyai tugas pokok merehabilitasi penyandang cacat (sekarang: penyandang disabilitas) personel TNI dan PNS Kemhan yang dalam penyelenggaraan rehabilitasi tersebut, salah satu diantaranya adalah Rehabilitasi Medik yang memberikan pelayanan kesehatan umum dan kesehatan khusus bagi penyandang disabilitas personel TNI dan PNS Kemhan. Sebagai  pelayanan kesehatan yang semula berbentuk poli klinik selanjutnya berkembang pada kegiatan perumahsakitan yang diwadahi dalam organisasi Rumah Sakit.

Secara fisik pembangunan Rumah Sakit dimulai dengan dibangunnya gedung Rehabilitasi Medik untuk pelayanan Fisioterapi dan Ortotik Prostetik, kemudian tahun 1991 dikembangkan bangunan di lantai 2 yang semula dipersiapkan untuk rawat inap rehabilitasi medik, sekarang pemanfaatannya untuk pelayanan Terapi Robotik, Okupasi Terapi, Terapi Wicara, Psikolog dan kegiatan Tim Rehabilitasi Medik lainnya. Sedangkan di lantai 3 terdapat Aula dan Ruang Gymnastic.

Berlanjut dibangun gedung fasilitas kamar operasi dan kelengkapan alat kesehatan kamar operasi dan pembangunan lantai 2 untuk rawat inap pasien bedah dan ruang administrasi Rumah Sakit. (selesai tahun 1996)

Operasional rumah sakit diawali dari pelayanan kesehatan yang melayani masyarakat umum melalui Klinik Rawat Jalan 24 jam dengan nama Poliklinik Remedika yang pengelolaannya bekerjasama dengan Sismadi Group dalam naungan Yayasan Repratama Seroja.

Mulai dibangun Gedung Rumah Sakit 4 lantai dan Gedung Asrama Parawat, namun pembangunannya sempat terhenti karena krisis moneter.

Mulai dirintis operasional rawat inap dengan nama Rumah Sakit Pusrehabcat Dephan yang dikelola oleh Pusrehabcat Dephan. Kemudian tahun 2003 pengelolaan Klinik Rawat Jalan 24 jam dan Rawat Inap dikelola sendiri oleh Pusrehabcat Dephan, serta mendapat ijin sementara dari Dinas Kesehatan DKI Jakarta pada tahun 2005 dibawah payung hukum Yayasan Kejuangan Panglima Besar Soedirman (YKPBS).

Pembangunan Gedung Rumah Sakit 4 lantai dilanjutkan dan selesai tahun 2006, dimanfaatkan seluruhnya untuk perawatan anak, dewasa bedah, penyakit dalam, ICU, Intermediate, serta di lantai dasar untuk Apotik, Laboratorium, dan Radiologi.

Nama Rumah Sakit Pusrehabcat Dephan berubah nama menjadi Rumah Sakit dr. Suyoto Dephan. Almarhum dr. Suyoto adalah seorang dokter ahli bedah tulang berpangkat Mayor Jendral (purn) yang merupakan tokoh yang berperhatian besar terhadap penyandang cacat di lingkungan TNI.

Rumah Sakit dr. Suyoto mendapat ijin penyelenggaraan rumah sakit tetap untuk kurun waktu 5 tahun dari Departemen Kesehatan untuk beroperasional melayani anggota penyandang cacat TNI, anggota Dephan (TNI dan PNS di lingkungan Dephan dan keluarganya) maupun untuk masyarakat umum.

Status dan kedudukan organisasi Rumah Sakit dr. Suyoto ditetapkan dalam organisasi Dephan sebagai UPT Dephan yang bertanggung jawab kepada Kapusrehab Dephan, berdasarkan Peraturan Menteri Pertahanan No. 12 tahun 2008 tanggal 26 Juni 2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Rumah Sakit dr. Suyoto Dephan.

Terdapat perubahan nomenklatur Rumah Sakit dr. Suyoto Pusrehab Dephan menjadi Rumah Sakit dr. Suyoto Kemhan, seiring dengan perubahan nama Pusrehab Dephan menjadi Pusrehab Kemhan, berdasarkan  Peraturan Menteri Pertahanan  Nomor 16 Tahun 2010  tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kementerian Pertahanan.

Rumah Sakit dr. Suyoto Kemhan ditetapkan sebagai Rumah Sakit Kelas B sesuai dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.03.05/1/1721/11 tanggal 7 Juli 2011 tentang Penetapan RS dr. Suyoto Kemhan sebagai Rumah Sakit Kelas B.

Mulai dibangun Gedung Rumah Sakit Pusat Pertahanan Negara (RSPPN) Panglima Besar Soedirman sebagai perluasan dan peningkatan RS dr. Suyoto Kemhan.

RSPPN Soedirman terdiri atas 26 lantai (+ 1 Lantai LG dan  1 Lantai Helipad), tinggi 125 meter dan luas bangunan 62.000 meter persegi di atas tanah 2,2 hektare. Adapun fasilitasnya meliputi ruang rawat inap 1.000 tempat tidur, 11 ruang operasi, 90 ruang tempat tidur untuk Intensive Care seperti ICU, ICCU, RICU, PICU, NICU, dan 55 tempat tidur instalasi gawat darurat (IGD).

RSPPN Soedirman juga dilengkapi fasilitas berupa pelayanan DSA, MRI 3 Tesla, CT Scan, Cat Lab, Panoramic 360, USG 4 dimensi, serta pelayanan terpadu penyandang disabilitas berupa alat robotic dan laser, pelayanan hemodialisa, dan pelayanan Kesehatan Udara Bertekanan Tinggi (KUBT) Hiperbarik.

RS dr. Suyoto Kemhan menerapkan Pola Pengelolaan Badan Layanan Umum (BLU) sesuai dengan Keputusan Menteri  Keuangan   Republik Indonesia Nomor 418 Tahun 2023 tanggal 26 November 2023 tentang Penetapan Rumah Sakit Dokter Suyoto pada Kementerian Pertahanan sebagai Instansi Pemerintah yang menerapkan Pola Pengelolaan Badan Layanan Umum.

Tanggal 19 Februari 2024, Presiden RI Joko Widodo didampingi Menteri Pertahanan RI Prabowo Subianto, meresmikan Rumah Sakit Pusat Pertahanan Negara (RSPPN) Panglima Besar Soedirman.

Tanggal 28 Februari 2024, Rumah Sakit dr.Suyoto Kemhan telah ditetapkan menjadi Kelas A, sesuai dengan Surat Menteri Investasi/Kepala Badan Koordinasi Penanaman Modal (atas nama Menteri Kesehatan), tentang Perizinan Berusaha Berbasis Risiko, Nomor Izin: 25012300407890003.